Nel 1615 venne iacquistato da Cosimo II dè Medici ed entrò a far parte del Granducato di Toscana. Nel 1738 subentrarono gli Asburgo Lorena, che favorirono i commerci e limitarono i privilegi feudali.
Nel 1738 il territorio maremmano venne suddiviso in diciotto comuni e quello di Scansano fu costituito dall'unione dei centri di Scansano, Montorgiali, Montiana, Cotone e altri centri più piccoli come Montepò e Pomonte.

Nell'Ottocento nei mesi più caldi gli uffici più importanti del governo provinciale si trasferivano da Grosseto a Scansano per sfuggire alla pianura maremmana dove imperversava la malaria. Questa pratica prese il nome di "estatatura". A testimonianza di quel periodo rimangono gli edifici di via Vittorio Emanuele (il più interessante è Palazzo Pretorio), Palazzo del Podestà, la Tesoreria Comunitaria, la Casa dell'Abbondanza e la Casa dello Spedale.